Struktura logiczna systemu odzwierciedla podział organizacyjny Służby Celnej i składa się z trzech warstw:

• centralnej (Ministerstwo Finansów),
• pośredniej (Izby Celne),
• lokalnej (Urzędy i Oddziały Celne).

Każda z nich posiada odpowiednią bazę danych oraz aplikację przeznaczoną dla użytkowników danego poziomu.

Podstawowymi elementami systemu ZEFIR są moduły. Obecnie w skład systemu wchodzą:

I - Moduły autorskie SKG S.A. - utworzone od podstaw

• "Obsługa i windykacja należności celnych i podatkowych" (rozliczanie cła i podatków wraz z egzekucją należności),
• "Obsługa zabezpieczeń i sum depozytowych",
• "Zabezpieczenia generalne i ryczałtowe",
• "Sprzedaż towarów z likwidacji",
• Podsystem "Kasa IC/UC/OC",
• "Dłużnik" - obsługa spraw dłużnika wraz z aktualizacją zadłużenia w skali wszystkich jednostek Służby Celnej,
• "Mundur" - rozliczanie sortów mundurowych,
• "Akcyza" - obsługa i rozliczanie deklaracji podatku akcyzowego,
• "Kasa-Akcyza" - obsługa operacji kasowych dla podatku akcyzowego,
• "Tradycyjne Środki Własne UE",
• "Egzekucja"- obsługa i rozliczanie czynności egzekucyjnych,
• "Administracja lokalna i centralna",
• "InterDB-Stat" - analityczny moduł raportujący wykorzystujący kostki OLAP,
• "InterDB-Profil" - kreator profili analizy ryzyka,
• "TOR" - obsługa Tradycyjnych Środków Własnych.

II - Moduły bazujące na oryginalnej wersji oprogramowania PowerCerv Financial Plus, dostosowanym do obsługi finansów Służby Celnej

• "Księga Główna",
• "Wydatki i koszty",
• "Kontrola dyscypliny budżetowej",
• "Środki trwałe",
• "Obsługa Planów i Harmonogramów dla BR MF" (OPiH).

O złożoności systemu i jego kompleksowości najdobitniej świadczy ilość składających się nań elementów, wśród których wymienić można ok. 2500 reguł funkcjonalnych, 268 dokumentów przypisanych do systemu, 36 ewidencji, 1200 okien, 1600 obiektów, 531 tabel, 176 indeksów, 157 wbudowanych procedur. Sama dokumentacja techniczna i użytkowa liczy przeszło 7300 stron.